晶码战士2故事根据长浦京同名小说改编。本作以 1924 年关东大地震后的东京为舞台。前谍报人员小曾根百合 16 岁就开始执行任务3 年之间杀掉 57 个人，因此被各国的大使馆称为「最该被除掉的日本人」。失去音讯的她在某一天，遇到因为掌握陆军消失金费的去向，因此遭到陆军精锐部队追杀的少年细见慎太后，再次投身战争，与少年共同对抗日本陆军。