奥特曼与怪兽的终极决战明末，建昌府药行屡遭匪患，田家次子田崇明同周天印冒死救下药品，但药物却在军中致人死亡，田家死罪难逃，而背后始作俑者竟是周天印的父亲周万庭，周万庭最终败露被斩，兄弟二人至此陷入难以回旋的家族争斗之中。